Die Hauptorgane der Gemeinde Aystetten sind die erste Bürgermeisterin bzw. der erste Bürgermeister sowie der Gemeinderat mit seinen 16 Mitgliedern. Den Vorsitz in den Sitzungen des Gemeinderats führt die erste Bürgermeisterin bzw. der erste Bürgermeister. Der Gemeinderat ist als politische Vertretung der Bürgerinnen und Bürger das zentrale Beschlussorgan der Gemeinde und entscheidet über alle wichtigen Angelegenheiten im Rahmen der kommunalen Selbstverwaltung.

Aus der Mitte des Gemeinderats werden die weiteren Bürgermeisterinnen bzw. Bürgermeister als Stellvertretung der ersten Bürgermeisterin bzw. des ersten Bürgermeisters gewählt.